2024-01-15 09:21:00
Un reciente Microbio de lanceta El estudio investigó la precisión de la determinación de la resistencia a los antibióticos a partir de enterococo faecium genomas con fines de diagnóstico.
Estudio: Determinación de la resistencia a los antibióticos utilizando secuencias del genoma completo de Enterococcus faecium: un estudio de precisión diagnóstica utilizando datos genotípicos y fenotípicos. Haber de imagen: Verano 1810/Shutterstock.com
Fondo
La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha anunciado que la resistencia a los antimicrobianos (RAM) es una de las principales amenazas públicas mundiales para los seres humanos. La ausencia de antibióticos eficaces no lograría prevenir la infección y aumentaría el riesgo de cirugía mayor o quimioterapia contra el cáncer.
Entre todas las cepas resistentes a los antibióticos, enterococo faeciumparticularmente resistente a la vancomicina De los residuos Presenta una gran preocupación ya que representa más de 200.000 muertes por año en todo el mundo.
Se ha identificado que esta cepa microbiana es la principal causa de infección adquirida en el hospital en el sitio quirúrgico, el torrente sanguíneo o el tracto urinario. Del excremento La infección aumenta particularmente los riesgos de mortalidad en pacientes inmunocomprometidos y críticamente enfermos. Varios estudios han demostrado que Del excremento Resiste muchos antibióticos comunes como ampicilina y vancomicina.
Los métodos de difusión en disco o microdilución en caldo se utilizan comúnmente para las pruebas de susceptibilidad a los antibióticos (AST).
Esta prueba es crucial para determinar los antibióticos correctos para tratar una infección bacteriana. Dado que la resistencia a los antibióticos está codificada genéticamente, el método de secuenciación del genoma completo se ha utilizado como estrategia alternativa para detectar la RAM.
La precisión de esta prueba depende de la disponibilidad de bases de datos actualizadas de determinantes genéticos de la RAM. Se utilizan herramientas bioinformáticas para interpretar datos genéticos.
Sobre el estudio
El principal objetivo del presente estudio es evaluar la precisión de la determinación de la RAM a partir de Del excremento genomas.
Del excremento La información utilizada en este estudio se obtuvo entre 2000 y 2018 de once países, incluidos Australia, Nueva Zelanda, Alemania, Países Bajos, Reino Unido, Austria, Dinamarca, Estados Unidos y Pakistán.
Se analizaron genomas bacterianos para detectar la presencia de genes y mutaciones que predicen la RAM en Del excremento. La precisión de las predicciones genotípicas se midió utilizando la resistencia fenotípica como estándar de referencia.
Se utilizó el software ARIBA (Identificación de resistencia antimicrobiana por ensamblaje) para determinar genes de resistencia a antibióticos y mutaciones de secuencias del genoma completo.
Hallazgos del estudio
Desarrollar una base de datos de determinantes genéticos de la resistencia a los antibióticos en De los residuos Se seleccionaron un total de 316 determinantes genéticos que comprendían 103 mutaciones únicas, 100 mutaciones en combinación, 82 genes adquiridos únicos y 27 genes adquiridos múltiples contra 17 antibióticos.
Una única mutación o determinante genético puede alterar la susceptibilidad de un patógeno a múltiples antibióticos.
La base de datos desarrollada en su estudio contenía determinantes genéticos que causan resistencia a 12 antibióticos diferentes en Del excremento.
En particular, esta base de datos podría predecir con precisión la resistencia a los antibióticos contra ampicilina, quinupristina-dalfopristina, ciprofloxacina, vancomicina, linezolid y teicoplanina.
Sin embargo, es necesario mejorar aún más las predicciones genotípicas de tetraciclinas y aminoglucósidos. Además, es necesario mejorar la sensibilidad a la tigeciclina y la daptomicina.
Estudios anteriores han indicado que las mutaciones en la proteína 5 fijadora de penicilina (Pbp5) contribuyen significativamente a la resistencia a la ampicilina en Del excremento.
La resistencia a los glicopéptidos podría determinarse con alta sensibilidad y especificidad basándose en la presencia de diferentes variantes funcionales de los operones van A y van B. Las variantes de operón que pierden genes específicos se encuentran en aislados fenotípicamente resistentes.
Se deben realizar más investigaciones en el futuro para explorar la contribución de los operones van raros, como van C, van D, van E, van G, van L, van M y van N, a la resistencia a los glicopéptidos en Del excremento.
El estudio actual observó que la identificación de variantes no funcionales del operón van, mutaciones que no confieren resistencia, variantes truncadas de genes y relaciones entre genes y resistencia codificadas incorrectamente confiere una baja especificidad para determinar la resistencia a los antibióticos.
Por tanto, para la predicción de la resistencia a los antibióticos, tanto la presencia como la integridad del determinante genético son cruciales.
De acuerdo con las predicciones de las bases de datos disponibles, la base de datos actualmente seleccionada mostró una baja especificidad en la predicción de la resistencia a la tetraciclina, mientras que se observó un alto nivel de resistencia para los aminoglucósidos.
Las nuevas pruebas fenotípicas indicaron la presencia de genes silenciados asociados a AMR. Este fenómeno en Del excremento debe ser explorado en el futuro.
Además, futuros estudios deben caracterizar completamente la base genética de la resistencia a estos antibióticos.
Conclusiones
El estudio actual reveló que la base de datos recientemente seleccionada exhibió una precisión equivalente o mayor en la predicción de la RAM basada en el E faecium genoma que las bases de datos existentes.
Estas predicciones genotípicas se han implementado en Pathogenwatch, que es una herramienta basada en la web que ayuda a determinar la RAM a partir de los genomas de muchos patógenos.
El aumento de la popularidad del método de secuenciación del genoma completo en los laboratorios de microbiología clínica y de salud pública ayudará a adaptar esta estrategia para el diagnóstico y la vigilancia de la RAM en Del excremento.
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