Madrid. Una nueva técnica que separa el ADN externo del interno de las células ha permitido identificar una variedad de microbios que viven y posiblemente estén activos en Atacama, el desierto más seco de la Tierra.
El desierto de Atacama, que se extiende a lo largo de la costa del Pacífico de Chile, es el lugar más seco del planeta y, en gran parte debido a esta aridez, hostil para la mayoría de los seres vivos. Pero los estudios en el suelo arenoso revelaron diversas comunidades microbianas. Sin embargo, estudiar la función de los microorganismos en estos hábitats es un desafío, porque es difícil separar el material genético de la parte viva de la comunidad del material genético de los muertos.
En Microbiología Aplicada y Ambiental, un equipo internacional de investigadores describe una nueva forma de separar el material genético extracelular (eDNA) del material genético intracelular (iDNA). El método proporciona mejor información sobre la vida microbiana en ambientes de baja biomasa, lo que antes no era posible con los métodos convencionales de extracción de ADN, dijo Dirk Wagner, Ph.D., geomicrobiólogo del Centro Alemán de Investigación de Geociencias GFZ en Potsdam, quien dirigió el estudio. el estudio.
Los microbiólogos utilizaron el nuevo enfoque en muestras de suelo de Atacama recolectadas en el desierto a lo largo de una franja de oeste a este desde el borde del océano hasta las estribaciones de la cordillera de los Andes. Sus análisis revelaron una variedad de microbios vivos y posiblemente activos en las zonas más secas. Una mejor comprensión del ADN ambiental y del ADN biológico, dijo Wagner, puede ayudar a los investigadores a investigar todos los procesos microbianos.
«Los microbios son los pioneros que colonizan este tipo de entorno y preparan el escenario para la próxima sucesión de vida», dijo Wagner. Estos procesos, afirmó, no se limitan al desierto. «Esto también podría aplicarse a nuevos terrenos que se forman después de terremotos o deslizamientos de tierra donde se tiene más o menos la misma situación, un sustrato mineral o rocoso».
La mayoría de las herramientas disponibles comercialmente para extraer ADN del suelo dejan una mezcla de células de microorganismos vivas, latentes y muertas, dijo Wagner. «Si extraes todo el ADN, tienes ADN de organismos vivos y también ADN que podría representar organismos que acaban de morir o que murieron hace mucho tiempo». La secuenciación metagenómica de ese ADN puede revelar microbios y procesos microbianos específicos. Sin embargo, requiere ADN de buena calidad, añadió Wagner, «lo que suele ser el cuello de botella en entornos con baja biomasa».
Para remediar este problema, él y sus colaboradores desarrollaron un proceso para filtrar células intactas de una mezcla, dejando fragmentos genéticos de ADNe sobrantes de células muertas en el sedimento. Implica múltiples ciclos de enjuague suaves, dijo. En pruebas de laboratorio, descubrieron que después de cuatro repeticiones, casi todo el ADN de una muestra se había dividido en dos grupos.
Cuando analizaron el suelo del desierto de Atacama, encontraron actinobacterias y proteobacterias en todas las muestras tanto del grupo de ADNe como de ADNi. Esto no es sorprendente, dijo Wagner, porque las células vivas llenan constantemente el depósito de ADNi a medida que mueren y se degradan. “Si una comunidad es realmente activa, significa que hay una renovación constante y eso significa que los dos grupos deberían ser más similares entre sí”, dijo. En muestras recolectadas a menos de cinco centímetros de profundidad, encontraron que la bacteria Chloroflexota dominaba el grupo de ADNi.
En trabajos futuros, Wagner dijo que quiere realizar una secuenciación metagenómica en las muestras de ADNi para comprender mejor los microbios en acción y aplicar el mismo enfoque a muestras de otros entornos hostiles. Al estudiar el iDNA, dijo, «se puede obtener una visión más profunda de la parte activa de la comunidad».
#Microbios #vivos #descubiertos #desierto #más #seco #Tierra
–